Está construido en un valle en las faldas occidentales de los volcanes Popocatépetl e Iztacihauatl, en el municipio de Huejotzingo. Huejotzingo se encuentra a 29 kilómetros de la ciudad de Puebla, por la recta a Cholula y la carretera federal México-Puebla.
El actual convento de San Miguel fue construido y concluido en 1570 bajo la dirección de Fray Juan de Alameda. Aparentemente una placa conmemorativa indica que se fundó en 1525.
El exconvento de San Miguel Arcángel, tiene una arquitectura de tipo colonial con subtipo plateresco.
El motor de los españoles durante la conquista no fue exclusivamente el de las riquezas, sino que consideraban a América como un territorio donde expandir el Imperio Cristiano El exconvento de Huejotzingo es el emblema de valores sincréticos de la conquista, tanto en la arquitectura, como en sus muros y en el retablo principal se observa un firme propósito por desterrar antiguos dioses e imponer la nueva religión, de lograr una conquista espiritual.
La tipología de estos edificios se conoce como la de Conventos Fortaleza. Las almenas únicas en su diseño de pirámides truncadas (se considera que la monumentalidad de las iglesias tiene un sentido simbólico, el de reemplazar las pirámides y templos preexistentes) que recorren toda la construcción cuya función era la de soporte para poder arrojar flechas.
Este espacio estaba conformado por cuatro elementos fundamentales: el atrio o gran patio, una gran cruz de piedra el eje de la entrada, una capilla abierta y capillas posas ubicadas en las esquinas del atrio-En el centro del atrio se encuentra la cruz atrial. No es la original (ésta se halla en la plaza de la población, ostentando en su cuerpo y brazos los símbolos de la pasión: la escalera, la esponja, lanza, dados, etc.). La entrada tiene altas columnas clásicas, cuyos capiteles soportan una delgada cornisa para formar un alfiz. Está decorado por el clásico cordón franciscano y siete anagramas en griego y latín; el interior es una sola nave.
